Las encomiendas hereditarias ocupan una posición particular en la historia y tradición dentro de la comunidad de la Orden. Esta posición especial es valorada con el rango protocolario de una Encomienda Hereditaria en la comunidad de la Orden y de su respectivo Comendador Hereditario. Se manifiesta también en el hecho de que el cargo del Comendador Hereditario no está sujeto a las reglas de todos los demás cargos dentro de la Orden y es heredable dentro de la familia del primer comendador hereditario. Por ello, su porcentaje en la Orden de San Juan de Jerusalén sólo representa una pequeña fracción en comparación con las jurisdicciones nacionales (denominadas Encomiendas o Grandes Prioratos).
La tarea de la Encomienda Hereditaria es garantizar y posibilitar una labor continua y eficiente de la Orden en su campo de actividad.